En la zona amesetada, la flora es muy pobre, típicamente xerófila, como consecuencia del rigor del clima. Los arbustos se desarrollan bajos y achaparrados, generalmente formando cojines hemisféricos, evitando la acción del viento sobre ellos; se encuentra coirón, cebadilla, neneo, jarillas y otros; sólo en las zonas un poco húmedas se forman los mallines, que son depresiones sin drenaje, con fondos chatos y arcillosos, en las que el agua acumulada permite el desarrollo de gramíneas.
En la región andina se desarrolla un rico bosque frío, correspondiente a la Selva Valdiviana, con presencia de coihues, maitenes, cipreses, ñires y alerces de gran altura (hasta 60 m) y diámetro (3 m); cuya edad puede alcanzar los 3.000 años, y que han dado nombre al Parque Nacional Los Alerces, que se localiza en el ángulo NO de la provincia. Estas especies crecen hasta aproximadamente los 900 metros de altitud, desde donde se desarrolla el lengal.
El tránsito por estos bosques no es fácil por la existencia de cañaverales de colihues, arbustos menores, helechos, musgos y líquenes. Entre los hongos se destaca el Llao-Llao, que provoca formaciones tumorosas en los árboles.